Większość opcji konfiguracji jest dostępna poprzez przycisk Zarządzanie konfiguracją, który wyświetla panel górny zawierający sześć zakładek, które służą do konfigurowania różnych części systemu.

Główne etapy konfiguracji systemu to:

1. Konfiguracja Domeny Axxon.
2. Podłączanie oraz konfiguracja urządzeń.
3. Konfiguracja archiwów.
4. Konfiguracja układów oraz map interaktywnych.
5. Konfiguracja użytkowników i ról.